Plongé dans un univers qui ne lui est pas familier, dans un temps qui n'est pas le sien, Ayato doit surmonter bien des obstacles ; les attaques répétées de Mu vont en effet l'obliger à piloter RahXephon, contre son gré, et à se lancer à l'attaque du monde auquel, hier encore, il appartenait. En plein doute, Ayato Kamina est sur le point de perdre ses certitudes et de se lancer en quête d'une nouvelle vérité...